Pracownia histopatologiczna Zakładu Medycyny Sądowej funkcjonuje od początku istnienia Zakładu. Aktualnie, po przeprowadzonym w latach 2012-2015 generalnym remoncie pracownia uzyskała 3 funkcjonalne przestronne pomieszczenia oraz została wyposażona w wysokiej klasy sprzęt diagnostyczny – dysponuje specjalistycznymi digestoriami przystosowanymi do pracy z materiałem formalinowym, procesorem tkankowym i w pełni zautomatyzowaną barwiarką firmy Leica, półautomatyczną zatapiarką firmy Bioptica oraz drobnym sprzętem służącym do opracowania materiału (skrawanie, wytwarzanie preparatów histologicznych).
Do oceny preparatów histologicznych pracownia wykorzystuje mikroskop firmy Zeiss, wyposażony w dodatkowe stanowisko służące do symultanicznych konsultacji i/lub dydaktyki oraz przystawkę z aparatem fotograficznym.
W Pracowni przygotowuje się wycinki narządowe, pobierane podczas sądowo-lekarskich sekcji zwłok wykonywanych w tut. Zakładzie oraz prosektoriach ościennych. Rocznie pracownia opracowuje około 10.000 wycinków.
Podstawowym barwieniem stosowanym w pracowni jest barwienie hematoksyliną i eozyną, ponadto - w zależności od potrzeb ocenianego przypadku - możliwe jest zastosowanie specjalistycznych barwień dodatkowych, np. w kierunku obecności tłuszczu, amyloidu, czy też zdolności komórek do wytwarzania śluzu itp.
Ze względu na przystosowanie pomieszczeń i wyposażenie w specjalistyczny sprzęt diagnostyczny pracownia dysponuje możliwościami poszerzenia zakresu badań adekwatnie do potrzeb zleceniodawców (dodatkowe barwienia czy procedury diagnostyczne).